Mutis estudió cirugía y medicina en Cádiz y Sevilla e inició su práctica médica en Madrid, como médico de cámara de la Corte, donde también se formó en botánica en el Real Jardín Botánico de Madrid, fundado por Fernando VI en 1755. En 1760 viajó al Reino de Nueva Granada como médico del virrey Pedro Messía de la Cerda. En América, Mutis simultaneó su actividad médica con estudios de minería, matemáticas y astronomía y se ordenó sacerdote en 1772.
